La Patagonia ha estado poblada por más de diez mil años y el Sur de Santa Cruz estuvo habitado en tiempos históricos por los Aonikenk o aonek’enk (tehuelches meridionales australes). Su nombre significaba ‘gente del sur’. Vivían del estrecho de Magallanes al río Santa Cruz.
Era un Pueblo nómade, cazador (guanacos y ñandúes) y recolector, adoptó el uso del caballo en el siglo XVII.
La Patagonia austral no pudo ser colonizada por los españoles pero el lago Viedma fue descubierto por una expedición Española a fines del siglo XVIII al mando de Antonio de Viedma, quien llegó al lago que hoy lleva su nombre el 19 de diciembre de 1782:
Lago Viedma, El Chaltén, Santa Cruz
El nombre, El Chaltén
De Viedma llegó también vió al imponente cerro Chaltén, y anotó en su diario el 24 de diciembre de 1782:
Llaras Samitier indica que kalt : “azul” y tenk : cima o pico más alto. De donde kalt-tenk, deformado en “chal-tenk” significa “cima azulada”. Caralos Sacamata, Tehuelche dice en cambio que no sólo significa azulado sino también “serruchado”, por la forma de las montañas.
Varias expediciones remontaron el río Santa Cruz: En 1834 el capitán inglés Fitz Roy lo hizo en bote, acompañado por el naturalista Charles Darwin (creador de la teoría de la evolución), pero desistieron poco antes de llegar al Lago Argentino.
El capitán H. Gardiner, llega a las fuentes del río Santa Cruz en 1867. En 1873 el subteniente Valentín Feilberg repite la hazaña pero cree haber llegado al lago Viedma. Es Francisco P. Moreno quién en febrero de 1877 llega al lugar y bautiza al lago Argentino. Va luego al norte donde divisa y bautiza al Monte Fitz Roy, confundiéndolo con un volcán (realmente el volcán es otro, el Lautaro, oculto bajo el manto de los hielos continentales):
Monte Fitz Roy o Chaltén
Con 3.405 m de altura que se yergue impresionantes sobre el Chaltén (ubicado apenas a 400 metros de altura), esta maravilla natural, junto con sus acompañantes, el Cerro Torre con 3128 m y el Cerro Puntiagudo (1.768 m), despliegan torres y agujas de granito que se alzan entre las nubes patagónicas.
La pared oeste del Fitz Roy nace en el Glaciar Torre a 950 m de altura y llega a los 3.375 m, con un desarrollo vertical de 2.425 m, es una de las paredes de montaña más desarrolladas del mundo. El plutón granítico del Fitz Roy tiene entre 15 y 21 millones de años. Es casi cuatro veces más jóven que los dinosaurios.
El “Perito” Moreno escribió acerca del cerro Fitz Roy, que él mismo bautizó el 2 de marzo de 1877:
Del punto en que nos encontrábamos apercibíamos en el fondo un inmenso ventisquero que llega hasta la superficie del lago [glaciar Viedma] resto de la antigua llanura helada, y las nubes al disiparse dejaron ver un imponente volcán, cuyo cráter se eleva a más de 2,000 metros. Sus flancos se destacan negros sobre el blanco manto de los ventisqueros que rodean su base. Apenas humeaba, pero el fueguino me dijo que a veces arroja gran cantidad de cenizas. Esa montaña como todas las que tienen el mismo origen, las llaman los indios chalten. “La bauticé con el nombre del Volcán Fitz–Roy en recuerdo al marino inglés que tanto ha hecho por la hidrografía de la Patagonia”.
Luego de la conquista del Desierto (1879-1884), la zona se incorpora definitivamente al territorio de la nación y comienzan a llegar los pioneros, estancieros y peones.
Es en plena crisis con Chile que se instalan los primeros edificios públicos en la zona (1982) y se funda formalmente el pueblo (1985).
El límite con Chile se resolvió finalmente en 1994, al quedar bajo jurisdicción argentina la Lago del Desierto, que había sido disputada por ambos países desde 1947.
Hoy su actividad primordial es el turismo de aventura.